Étienne Nicolas nació en Givet, pueblo situado a orillas del Mosa, en el departamento de las Ardenas. Su padre, Jean-François, fue inicialmente mayordomo del conde de Montmorency y luego un modesto comerciante de vino, a la muerte del conde. Los padres detectaron pronto el precoz talento musical del niño, pero debido a su pobreza las primeras lecciones musicales las tuvo que recibir de un humilde organista ciego de Givet, del que no se sabe nada. Sus aptitudes eran tales que, con sólo diez años, fue nombrado organista del convento de los Franciscanos de Givet.
El año 1775, un músico y organista alemán, el monje Wilhelm Hanser, se trasladó al monasterio de Laval-Dieu, cerca de Givet, para fundar una escuela de música. Méhul se convirtió en su alumno ocasional, principalmente de contrapunto, y su suplente en 1778.