Era ciego de nacimiento y fue músico de cámara de la duquesa de Tarifa. Es conocido principalmente por su colección de música de viola titulada Orphenica Lyra (Madrid, 1564), que dedicó a Felipe II.
La escritura, muy notable, de esta obra, es la mejor prueba del grado de cultura musical que había alcanzado España en aquella época. El Orphenica Lyra contiene transcripciones para viola de composiciones de Juan Vázquez, Francisco y Pedro Guerrero, Jean el Héritier, Cristóbal de Morales, los Mateo Flecha, Ravaneda, Bernal, así como de músicos belgas y una serie de fantasías del mismo Fuenllana , que son del más alto interés.
Obras de Miguel FUENLLANA

Canciones españolas antiguas, Vol. 2
de los siglos XIII, XVI, XVII y XVIII
ALFONSO X; ANÓNIMO; COMES, Juan Bautista; FUENLLANA, Miguel; LITERES, Antonio; PISADOR, Diego; VALDERRÁBANO, Enríquez de; VÁSQUEZ, Juan
- Voz y Piano
- Reg.: B.2126

Canciones españolas antiguas, Vol. 1
de los siglos XIII, XVI, XVII y XVIII
ANÓNIMO; FUENLLANA, Miguel; LASERNA, Blas; VADO, Juan; VÁSQUEZ, Juan
- Voz y Piano
- Reg.: B.2125