Fue maestro de capilla del arzobispo de Salzburgo. Escribió numerosos dramas latinos por los estudiantes del colegio de los benedictinos de Salzburgo, varias misas, himnos y motetes, con una larga lista aparece en la Biografía diciembre musiciens, de François-Joseph Fétis.
Sus, IX Toccata y fughe por el organo, publicadas en Augsburgo en 1747, tuvieron mucho éxito entre los músicos de su tiempo. Muzio Clementi las insertó en la colección de música para órgano y piano; sin embargo, Mozart prefería las obras a cuatro voces de este autor. En 1777 en copió 13 de estas para su uso, copia que aún se conserva actualmente. El estilo de los motetes, es muy elevado y su armonía contiene modulaciones de sonido muy eruditas.
Tuvo varios alumnos entre ellos lo que más tarde sería su yerno Anton Cajetan Adlgasser (1729-1777).
Obras de Johann Ernst EBERLIN

37 Versos
BACHMANN, Sixtus; BUXTEHUDE, Dieterich; CORELLI, Arcangelo; EBERLIN, Johann Ernst; FISCHER, Johann Caspar Ferdinand; HÄNDEL, Georg Friedrich; KNECHT, Justin Heinrich; KOLB, Karlmann; KUCHARZ, Johan Baptist; LASSO, Orlando di; LOTTI, Antonio; MUFFAT, Georg; MUFFAT, Gottlieb; PACHELBEL, Johann; PALESTRINA, Giovanni Pierluigi da; REMBT, Johann Ernst; SEEGER, Josef; TITELOUZE, Jean
- Órgano o Armonio
- Reg.: BA0048

27 Versos
ALBRECHTSBERGER, Johann Georg; CARISSIMI, Giacomo; EBERLIN, Johann Ernst; EBNER, Wolff; FASOLO, Giovanni Battista; FISCHER, Johann Caspar Ferdinand; FRESCOBALDI, Girolamo; FROBERGER, Johann Jakob; HÄNDEL, Georg Friedrich; MUFFAT, Gottlieb; MURSCHHAUSER, Franz Xaver; PACHELBEL, Johann; VENANTIUS, Pater
- Órgano o Armonio
- Reg.: BA0015