Casi todas sus obras han sido compuestas para ser interpretadas en la colegiata de Santa María, en la que Ildefonso revisó su repertorio litúrgico y renovó las misas y los salmos. Tan solo compuso tres obras profanas, el resto es obra sacra. Ganó un concurso de composición en 1930 con la obra "Felicitación sabatina".
En 1940 se publicó su "Misa hispana" y en 1953 hubo varias ediciones de la "Misa de Navidad" o "Misa de villancicos". También aparecieron sus "Corales para órgano", "Interludio en La", "Cinco piezas para órgano"... En 1968, la publicación Tesoro sacro musical editó un catálogo con la obra para canto de Ildefonso Pardos Arrué.
Dedicó a la Coral Bilbilitana un "Salve Regina" a cuatro voces que estrenaron en 1959 y que hasta la actualidad han seguido interpretando.