Entró en el colegio de los Jesuitas y su voz atrajo muy pronto la atención. El caballero Carducci, que lo oyó, convence a sus padres para enviarlo a perfeccionar su arte en Nápoles. Después de haber estudiado con el abad Don Presta, comenzó estudios con Durante del que fue alumno durante nueve años. Compuso sobre todo música religiosa durante su estancia en el conservatorio de San Onofrio.
Debuta en la ópera con una pieza cómica que le da cierto éxito. Se hizo pronto el émulo de Piccini y de Cimarosa. En 1776, recibió una invitación de la zarina Catalina II de Rusia para ser su maestro de capilla. Lo fue durante nueve años, periodo en el que escribió que es probablemente su mejor obra: Le Barbier de Séville de Beaumarchais. Al final de este estancia, Paisiello volvió a Italia pasando por Viena donde dejará doce sinfonías y una ópera, Il ré Teodoro. De vuelta a Nápoles, fue el maestro de capilla de Fernando I, y tuvo varios alumnos entre ellos a Antonio Benedetto Maria Puccini, Piero Maroncelli y Silvestro di Palma. La revolución de 1799 no trabó su carrera, ya que fue nombrado músico de la nación.
En el momento de la restauración, quedó dos años sin empleo hasta que el primer cónsul de Napoleón le llamó para estar a su servicio. Sólo estuvieron dos años y medio para que la enfermedad de su esposa no soportaba el clima francés. La pareja llegó a Nápoles donde Paisiello tuvo un recibimiento triunfante y el rey José I Bonaparte lo gratificó con una pensión.
La vuelta de los Borbones significó el fin de la carrera de Paisiello que conoció entonces un período de carestía. No sobrevivió mucho tiempo a su esposa y murió el 5 de junio de 1816.