Era hijo de un fabricante de chocolate. A la edad de cuatro años ya mostró un excepcional talento musical, ya los once ya tocaba el violín en la orquesta una compañía de ópera de Palma, para la que compuso una Fantasía para violín que fue estrenada con un notable triunfo. Entre 1859 y 1863, con el apoyo económico de su familia, se trasladó a hacer estudios musicales en París, habiendo estudiado violín a partir de 1861 en el Conservatorio de París con Massard. En 1863 fue admitido en la orquesta del Théâtre Lyrique y comenzó a estudiar instrumentación y composición con Hector Berlioz.
Volvió a Mallorca para hacer el servicio militar. En 1866 se instaló en Madrid y en 1868 continuó su formación musical en el Conservatorio, estudiando violín con Jesús de Monasterio y composición con Emilio Arrieta, mientras formaba parte de la orquesta del Teatro de la Zarzuela. Al año siguiente de haberse matriculado tuvo la fortuna de estrenar su primera sinfonía y, quizás alentado por el éxito, abandonó los estudios oficiales. Arrieta y sus discípulos siempre atacaron duramente Marqués, al que llamaban «la urraca ladrona», basándose en sus presuntos plagios.
Marqués fue un caso especial en la música española decimonónica, ya que fue uno de los pocos sinfonistas convencidos y prolíficos, habiendo alcanza mucha fama con el ciclo de cinco sinfonías que compuso. La primera de ellas, en Si bemol, fue estrenada en Madrid el domingo 2 de mayo de 1869, con un éxito tan grande que tuvo que repetirse el domingo siguiente. Aunque el éxito de sus sinfonías, que incluso le valieron el exagerado apodo de «Beethoven español» y que formaron parte del repertorio sinfónico madrileño de la época, en realidad se trata de obras que en palabras de Gomez Amat «sólo pueden compararse con un sinfonismo francés de segunda fila», y que por tanto han sido completamente olvidadas. La tercera sinfonía, la única publicada en vida del compositor, fue interpretada en Munich y también es la que ha disfrutado de un número mayor de interpretaciones contemporáneas.
A pesar de su producción sinfónica, en realidad Marqués ganarse la vida con la zarzuela, produciendo títulos de gran llamada y que fueron muy representados en su época, destacando entre toda su producción lírica El anillo de hierro, de la que existe una grabación. Esta zarzuela fue estrenada por Manuel Fernández Caballero y obtuvo un éxito fabuloso. La buena fortuna de Marqués se redondeó con una herencia que recibió de un tío muerto en América, que ya había sido su protector en la juventud.
A partir de 1878 fue inspector de las escuelas especiales de música y profesor de canto del Hospicio. Publicó un Pequeño método de violín para la enseñanza de este instrumento y otra obra didáctica: La lira de la Infancia. Al jubilarse retornó a su ciudad natal, donde murió el 15 de febrero de 1918.
A partir de la década de 1990 del Instituto Complutense de Ciencias Musicales de Madrid inició la publicación completa de su ciclo de sinfonías, que se concluyó en 2003 con la publicación de la Sinfonía núm. 5 en do menor.